Μία φωνή από το 1884 καταδεικνύει την στάση των ιερέων και σήμερα.

Μία τέτοια στάση ονομαζόταν τότε απολογία Πίστεως, σήμερα κατηγορείται ως φανατισμός!

                           

Από το απολογητικό βιβλίο του Ιωάννη Σκαλτσούνη, «Θρησκεία και Επιστήμη» (Τεργέστη – 1884, σελ. 17ff.): 

«Συνταράσσεται αληθώς ο ημέτερος κλήρος επί τοις λόγοις του επικρίναντος εκκλησιαστικήν τινά εξωτερικής λατρείας παράδοσιν, αλλ’ αμεριμνεί απέναντι ενεργειών, προσβαλουσών τας βάσεις πάσης ηθικής και θρησκευτικής αληθείας. Αγωνίζεται όπως διασώση το αναλλοίωτον μεταφυσικής τινος διδασκαλίας, μηδεμίαν εχούσης πρακτικήν σπουδαιότητα, αλλά δεν συγκινείται όταν τα θεμέλια των Ευαγγελικών αρχών υποσκάπτονται. Επικαλείται ενίοτε, ως μη όφειλε, και την επέμβασιν της εξουσίας και την αυστηράν των νόμων εκτέλεσιν προς απόκρουσιν πάσης πεπλανημένης δογματικής θεωρίας, αλλ’ εγκαταλείπει το μόνον μέσον το δυνάμενον λυσιτελώς να προασπίση τας συνειδήσεις των πιστών από παντός κινδύνου, την δημοσίαν και επιστημονικήν συζήτησιν, την δια του λόγου διαφώτισιν του θρησκευτικού συναισθήματος» (Σελ. 17, 18)».

Ο Σκαλτσούνης έζησε τον 19ο αιώνα (1821 – 1905) και η κυρίως απολογητική συγγραφική δραστηριότητά του τοποθετείται στο β΄ μισό του αιώνα.

Την εποχή αυτή στην Ευρώπη η επιστήμη ρέπει έκδηλα προς τον υλισμό και αντικρουόμενα ρεύματα συνθέτουν το επιστημονικό πνεύμα, το οποίο διέπεται κυρίως από τον υλισμό του Moleschott και του Büchner, από τη θεωρία περί της εξελίξεως του ανθρώπου του Δαρβίνου και του Λαμάρκ και τον μονισμό του Haeckel. Ως μοναδική αξία παρουσιάζεται το πείραμα και η παρατήρηση. Αυτές οι «προοδευτικές» ιδέες είχαν αρχίσει να εισέρχονται και στην ελληνική κοινωνία, στην οποία τις καθιστούσε γνωστές το περιοδικό Προμηθεύς. Στόχευε στη διαφώτιση του σχετικά πρόσφατα απελευθερωμένου λαού από τον τουρκικό ζυγό που έπρεπε να καταρτιστεί επιστημονικά για να μπορέσει να αξιοποιήσει την ελευθερία του και αυτό θα γινόταν με την υιοθέτηση των νέων ιδεών που κυκλοφορούσαν στη Δύση. 
Στο όνομα της επιστήμης άρχισε να κυριαρχεί η άρνηση κάθε πνευματικής αξίας και, ενώ στη Δύση εκδηλωνόταν αντιδράσεις στον υλισμό, στην Ελλάδα εμφανιζόταν ένα μούδιασμα του πνευματικού κόσμου, αδιαφορία και έλλειψη οποιασδήποτε αντίδρασης. 
Οι ιδέες αυτές βρήκαν ισχυρό αντίπαλο στο πρόσωπο του Σκαλτσούνη, ο οποίος, αν και είχε κάποια επιρροή από την εφηβεία του ακόμη από τις υλιστικές θεωρίες, μετά τη μεταστροφή του πίστευε ότι αυτές οι καινοφανείς θεωρίες υπέσκαβαν το χριστιανικό φρόνημα του λαού και προετοίμαζαν την ηθική του κατάπτωση. Προκειμένου να τις πολεμήσει έγραψε διάφορα έργα. Το 1882 δημοσίευσε στο Μιλάνο την απολογητική πραγματεία κατά του υλισμού L’ uomo et il materialismo. Στη συνέχεια διασκεύασε την πραγματεία του και εξέδωσε το περίφημο σύγγραμμα Θρησκεία και επιστήμη, το οποίο διέγραψε νέα εποχή στην απολογητική του χριστιανισμού. Επιπλέον, από τις στήλες του περιοδικού Ανάπλασις υπεραμύνθηκε των αληθειών του χριστιανισμού και προσπάθησε να διαφυλάξει τον λαό από τις υλιστικές δοξασίες. Δημοσίευσε στο περιοδικό αυτό κατά τα έτη 1889 και 1890 μία σειρά μελετών με τον τίτλο «Ψυχολογικαί μελέται», για να ανασκευάσει το σύγγραμμα του Σίμωνος Αποστολίδη «Αι ψυχώσεις», το οποίο κατέληγε στο συμπέρασμα ότι ο άνθρωπος είναι ύλη. Λόγω του αγώνα του εναντίον του υλισμού και του πνεύματος της εποχής έγινε στόχος των υλιστών και δέχθηκε δημοσιογραφικές επιθέσεις, μέσω του περιοδικού Προμηθεύς επί ολόκληρο σχεδόν το 1890-1891. Ο Σκαλτσούνης, παρακολουθώντας τη σχετική επιστημονική κίνηση στην Ευρώπη, εξέδωσε το 1893 το έργο Περί γενέσεως του ανθρώπου αρμονίαι χριστιανισμού και επιστήμης, προς απόκρουση της μονιστικής θεωρίας του Haeckel. 
Τον 19ο αιώνα η Ελλάδα, ως ανεξάρτητο και ελεύθερο κράτος εξελίσσεται εδαφικά και πληθυσμιακά. Παράλληλα, συντελούνται σημαντικοί κοινωνικοί μετασχηματισμοί με το αγροτικό ζήτημα στη Θεσσαλία, το εργατικό κίνημα, τη μετανάστευση που εντείνεται και την αναγνώριση δικαιωμάτων στις γυναίκες. Η ελληνική κοινωνία χαρακτηρίζεται από την αργή, αλλά συνεχή μεταβολή με κύριο άξονα των αλλαγών τη βαθμιαία αστικοποίηση του πληθυσμού. Η ελληνική οικονομία παρουσιάζει αργή ανάπτυξη και οπωσδήποτε χαμηλότερη από αυτή της Δ. Ευρώπης. Μέσα σε αυτές τις συνθήκες μεταφυτεύονται και καλλιεργούνται οι υλιστικές θεωρίες στην Ελλάδα. Την εποχή που ανέπτυξε την απολογητική του δραστηριότητα ο Ιωάννης Σκαλτσούνης η ελληνική πολιτεία ενεργεί με διάθεση άρνησης και αφανισμού κάθε πνευματικής αξίας και η κοινωνία βρίσκεται σε ηθική αποσύνθεση, ως αποτέλεσμα υιοθέτησης των νέων υλιστικών ιδεών. Η εκπαίδευση έχει διαστρεβλώσει τον προορισμό της, το μάθημα των θρησκευτικών στα σχολεία διδάσκεται από άλλες ειδικότητες καθηγητών, καθώς παύθηκαν οι θεολόγοι για λόγους οικονομίας. Αρχίζει να επικρατεί η απιστία, μία τάση αποκήρυξης του παρελθόντος και η αντίληψη ότι η υιοθέτηση των νέων ιδεών είναι σημάδι εκσυγχρονισμού.

«Ο Ιωάννης Σκαλτσούνης ως απολογητής του Χριστιανισμού»  Παναγιώτου Ιωάννης Ανδρέα