Ο Φώτης Μαρτίνος ο εγγονός του Κόντογλου σκιαγραφεί την Ορθόδοξη ακεραιότητα του παπού του και τους αγώνες του με το εκκλησιαστικό κατεστημένο της εποχής. Ανατρέχει στα δύσκολα χρόνια που έζησε ο παππούς του μέχρι τον θάνατό του, ως συνέπεια των συγκρούσεων που είχε δημιουργήσει, επικρίνοντας μέσα από τα άρθρα του το έργο κάποιων εκκλησιαστικών λειτουργών της εποχής του, και όχι μόνο.
Τα έβαλε με Αρχιεπισκόπους ( σσ δηλ. με δεσποτάδες), είχε φτάσει μέχρι και τον Πατριάρχη, στέλνοντάς του αυστηρές επιστολές και λαμβάνοντας πίσω αυστηρές προειδοποιήσεις.
«Από το 1955 και μετά, τα χρόνια δυσκόλευαν όλο και περισσότερο, γιατί είχε δημιουργήσει πολλές κόντρες και με το καθηγητικό, αλλά και με το ιεραρχικό κατεστημένο. Τα έβαλε με Αρχιεπισκόπους, είχε φτάσει μέχρι και τον Πατριάρχη, στέλνοντάς του αυστηρές επιστολές και λαμβάνοντας πίσω αυστηρές προειδοποιήσεις. Μάλιστα, σταμάτησαν να του δίνουν πια εικονογραφήσεις εκκλησιών και τον απέκλεισαν ακόμη και από το έργο της Καπνικαρέας, το οποίο είχε ξεκινήσει, αλλά δεν κατάφερε να ολοκληρώσει. Κι έφτασε στο σημείο, όταν σε εκείνον και τη γιαγιά μου συνέβη το σοβαρό αυτοκινητικό ατύχημα το 1963, να μην έχει πια τίποτα. Ζούσε μόνο από τις βοήθειες που του παρείχε ο εκδότης του και νονός μου, Αλέκος Παπαδημητρίου».
Τον Ιούλιο του 1965, δύο χρόνια μετά το ατύχημα, ο Κόντογλου πεθαίνει ύστερα από μετεγχειρητική μόλυνση και το σπίτι του στα Πατήσια γεμίζει από κόσμο.
